Puzzle 2048 do të ndryshojë shumë në 2048 Run 3D. Në vend të pllakave, ju do të kontrolloni një top me vlera numerike të vizatuara mbi të. Ai do të ndryshojë ngjyrën dhe vlerën në procesin e lëvizjes, dhe për këtë ai duhet të përplaset me topa me të njëjtën ngjyrë dhe numër. Detyra është të arrish në vijën e finishit me topin me numrin maksimal në anën e tij.