Detyra në Clone Ball Maze 3D është të dorëzoni topat në enë në formë koni, e cila ndodhet në dalje të labirintit. Duke kaluar nëpër labirint, përpiquni të rrisni numrin e topave me ndihmën e seksioneve të veçanta. Kjo është e nevojshme për të kaluar nëpër dyert e mbyllura, në këtë rast do t'ju duhet të sakrifikoni topat dhe ato duhet të jenë më se të mjaftueshme për ju.