Në Pokemon Battle Labyrinth, ju do ta drejtoni Pokemonin tuaj përmes një labirinti të ndërtuar posaçërisht ku ai mund të përmirësojë aftësitë e tij luftarake. Nën drejtimin tuaj, Pokemon do të lëvizë nëpër labirint, duke kapërcyer pengesa dhe kurthe të ndryshme dhe duke mbledhur sende të ndryshme të dobishme. Pasi të keni takuar kundërshtarë, do t'ju duhet të përdorni aftësitë luftarake të heroit për ta shkatërruar atë në betejë. Sapo armiku të vdesë, do t'ju jepen pikë në lojën Pokemon Battle Labyrinth.